在人工育苗时期，扇贝幼虫很轻易传染细菌和真菌，引起多量灭亡。
细菌病常见的有弧菌，有一种鳗弧菌专营分化有机体，在很短的时间内使幼面子盘分化，这种病状出格是在采卵后的5-7天内发生，伸张极快，6-8小时能致死全数幼虫。今朝这种病原细菌引起的疾病一旦发明尚无治疗的方案，只能预防。预防要领：加强亲贝育肥时的体质，天天倒池育肥，彻底断根细菌病原地，幼虫培育时勤倒池(3天倒池一次)，倒池后用高锰酸钾，消毒清算池底。
假单胞杆菌属和气单胞杆菌，这些细菌日常平凡储藏在海水、底泥、池底污染物，动物的体表或消化道内都可能找到，前提一旦相宜便年夜量繁殖侵入扇贝幼虫或稚贝的构造中成为致病菌。受传染的幼虫下沉至池底，面盘纤毛欠缺不齐，勾当能力削弱，不久就多量灭亡。在显微镜下可见幼虫构造内发明溃疡甚至分化。此病治疗效果不显著，预防要领：断根培育池底代谢物及残饵，防止引起细菌繁殖。
在幼虫培育时常有一种霉菌和真菌传染幼体足肌部门，这种病情常在幼虫壳长168微米后发明，病菌传染迟缓，在显微镜下很清晰见到幼体生长发育时壳长、壳高不停增加，内部器官也正常发育，但足肌出格是足蹠部门最先溃烂，掉去爬行功效，在眼点幼虫后期，呈现几率高，面盘最先萎缩退化，而足肌溃烂，使幼虫下沉灭亡。
今朝对于海水中的细菌处置惩罚尚无很好措施，采纳预防的办法是重要的，常常彻底清算池底，消毒池底，勤倒池，除此之外最有用的措施是用紫外线消毒海水。
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